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全基因组重测序（Whole genome re-sequencing）是对已知基因组序列物种的不同个体或群体进行基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行全基因组水平差异性分析，可以全面挖掘基因序列差异和结构变异。全基因组重测序通过序列比对，可找到大量的单核苷酸多态性位点（SNP）、插入缺失位点（InDel，Insertion/Deletion）、结构变异位点（SV，Structure Variation）位点和拷贝数变异位点（CNV，copy number variation)。全基因组重测序广泛应用于变异检测、遗传图谱构建、功能基因挖掘、群体进化、品种选育等研究领域。